Se obtiene así una mezcla de fragmentos de ADN amplificados, de entre unos 150 y 200 pares de bases, representativos de todos los organismos presentes en la muestra. Cada fragmento está, además, marcado con un "código de barras molecular" que permite identificar la muestra de donde procede. Tras comprobar el éxito de la amplificación en un gel de agarosa, es el momento de enviar las muestras al ultrasecuenciador, para leer las secuencias de los fragmentos amplificados.
Imagen del gel de agarosa obtenido de las muestras de Islas Cíes y Cabrera |