Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

domingo, 10 de abril de 2016

Diferencias significativas entre comunidades con y sin algas invasoras reveladas con metabarcoding


Mientras los datos correspondientes a las campañas del 205 están siendo analizados, queremos compartir los primeros resultados relativos a las comunidades muestreadas con y sin algas invasoras. En las Islas Cíes, comparamos la comunidad fotófila con Cystoseira nodicaulis (como ejemplo de comunidad natural), con muestras equivalentes con el alga introducida Asparagopsis armata. En Cabrera, en la misma pared, pudimos muestrear comunidades fotófilas naturales y la misma comunidad con Lophocladia lallemandii. A más profundidas, obtuvimos muestras de la comunidad esciáfila natural y de manchas dominadas por Caulerpa cylindracea.

Mediante el gen 18S hemos identificado un total de 2937 MOTUs en estas comunidades. Nuestros análisis estadísticos muestran claras diferencias, tanto cualitativas como cuantitativas, entre comunidades equivalentes con y sin algas invasoras. Esto era previsible para las fracciones de talla mayores, pero incluso la fracción más pequeña (organismos entre 1 mm y 65 micras) mostró diferencias significativas. Este rico componente de la biodiversidad no puede ser analizado eficientemente con los métodos convencionales, y con el uso de técnicas genéticas hemos podido cuantificarlo y analizarlo.

El metabarcoding, por tanto, ha revelado cambios en las comunidades afectando incluso a los diminutos meio-organismos (animales, plantas y protistas), y a escalas espaciales muy reducidas (decenas de metros). La presencia de algas invasoras por tanto tiene profundos efectos en la estructura de las comunidades a todas las escalas. Este es uno de los resultados interesantes que estamos encontrando con nuestros datos. Más noticias pronto!
Esta representación gráfica en dos dimensiones (análisis de escalado multidimensional) permite la visualización de las diferencias entre las comunidades con y sin algas invasoras



Los métodos puestos a punto en METABARPARK explicados en un capítulo de libro internacional

Owen Wangensteen y Xavier Turon han sido invitados a escribir un capítulo para el libro "Marine Animal Forests. The Ecology of Benthic Biodiversity Hotspots", de la prestigiosa editorial Springer International Publishing (ISBN: 978-3-319-17001-5), y en el que actúan como editores Sergio Rossi, Lorenzo Bramanti, Andrea Gori y Covadonga Orejas.

En este capítulo, titulado "Metabarcoding techniques for assessing biodiversity of marine animal forests", Owen y Xavier explican los métodos que se han puesto a punto en METABARPARK para trabajar con comunidades de fondos duros usando metabarcoding. Pensamos que es fundamental contribuir a la generación de protocolos estandarizados, y que este libro puede ser una excelente plataforma para comunicar a otros investigadores la experiencia adquirida en los diversos pasos del proceso.

Este capítulo está en proceso editorial en estos momentos, y se espera que sea publicado en los próximos meses.


Las técnicas desarrolladas en METABARPARK, como la separación de las comunidades en fracciones de talla, pueden ser aplicables por otros grupos que desarrollen estudios de metabarcoding en el bentos marino

METABARPARK en el taller “Application of genomic tools for benthic monitoring”


El 4 y 5 de abril, en el Museo de Historia Natural de Ginebra (Suiza), tuvo lugar el taller “application of genomic tools for benthic monitoring of marine environment: from technology to legal and socio-economic aspects”, organizado por el Prof. Jan Pawlowski de la Universidad de Ginebra (http://goo.gl/forms/V9bLHtyJBk).

El forum tenía como objetivo el intercambio de ideas sobre el potencial de las técnicas de eDNA (ADN ambiental) para determinar la biodiversidad y el impacto de las actividades humanas en ella. En el mismo participaron profesionales ambientalistas, miembros de organizaciones internacionales reguladoras, y científicos.

Las presentaciones y las discusiones fueron muy estimulantes, y la idea general es que los indicadores derivados del ADN pueden ser utilizados de forma efectiva en el campo de  la monitorización ambiental (como ya lo son en otras disciplinas). Sin embargo, es necesario un mayor desarrollo y estandarización antes de que se puedan usar rutinariamente de forma conjunta con técnicas basadas en morfología. Se planteó también que puedan sustituir a estas últimas, que son muy lentas, requieren mucho tiempo y dependen de la disponibilidad de taxónomos especialistas, que está disminuyendo en todo el mundo.

Xavier Turon y Owen Wangensteen contribuyeron al taller con la presentación “Issues in metabarcoding of marine bentos”, en la que discutieron sobre diversos aspectos controvertidos, como el uso de ADN o de ARN, la elección entre el gen 18S rDNA o el gen COI, o el uso de umbrales fijos o flexibles para agrupar las secuencias en Unidades Operativas (MOTUs). En la presentación se usaron los resultados del proyecto METABARPARK.



Xavier Turon y Tom Wilding, del Scottish Association for Marine Science, a la entrada del Museo de Historia Animal, con una encantadora mascota!