Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

miércoles, 20 de enero de 2016

Trabajando con los datos

Ya hemos procesado las muestras, extraído el ADN, y amplificado los genes seleccionados de las muestras recogidas en los segundos muestreos (2015) realizados en cada Parque. Recibimos las secuencias en noviembre (para el gen COI) y en diciembre (para el gen 18S). Por tanto ya tenemos toda la información genética de los muestreos realizados en 2014 y 2015 en las Islas Cíes y en el Archipiélago de Cabrera.

En los últimos meses hemos estado muy ocupados trabajando en los análisis bioinformáticos de esta gran cantidad de datos. Hemos tenido que adaptar y mejorar los programas disponibles, hemos escrito nuestros propios programas, y hemos probado diferentes opciones a cada paso del proceso.

Ahora mismo estamos redactando el borrador de nuestro primer manuscrito para publicación con los resultados de los primeros muestreos, con la caracterización de la biodiversidad y la comparación de comunidades dentro y entre los Parques. También hemos construido una base de datos global con todas las secuencias obtenidas en 2014 y 2015 que está siendo analizado para determinar los cambios temporales en la estructura de comunidades de ambos Parques. Esperamos tener resultados interesantes pronto!




Tesis de Máster con resultados de Metabarpark


En noviembre del 2015, Manuel Orobitg, estudiante del Máster en Oceanografía y Gestión del Medio Marino de la Universidad de Barcelona, presentó su memoria final de Máster titulada “Morfología vs metabarcoding. Comparación de técnicas de determinación de la biodiversidad en fondos de Maërl”, bajo la supervisión de Xavier Turon, Creu Palacín y Owen Wangensteen.


Imagen de la toma de una muestra de Maërl en las Islas Cíes


En este estudio, Manuel analizó morfológicamente muestras recogidas al mismo tiempo que las de los estudio genéticos en los fondos detríticos de las Islas Cíes y del Archipiélago de Cabrera. Los análisis se centraron en tres de los grupos más representativos: poliquetos, artrópodos y moluscos. Se identificaron al nivel taxonómico más bajo posible, con la ayuda de taxónomos (gracias Daniel Martin i Lídia Delgado), las especies presentes en las fracciones de 10 y 1 mm. Igualmente se obtuvieron valores de biomasa (peso). Los análisis morfológicos detectaron 77, 45 y 44 morfoespecies de poliquetos, artrópodos y moluscos, respectivamente. Por su parte, los estudios genéticos permitieron identificar 182, 245 y 70 MOTUs, respectivamente, en las mismas fracciones de talla. Por tanto, el metabarcoding permitió determinar una mayor diversidad, aunque la precisión taxonómica alcanzada fue mayor con morfología. Por otro lado, todos los parámetros estructurales (curvas de dominancia de biomasa, patrones de alfa- y beta-diversidad) fueron marcadamente diferentes entre los datos de metabarcoding y de morfología, indicando que los dos métodos capturan aspectos diferentes de la estructura de biodiversidad presente. Los inventarios morfológicos tienen a estar cuantitativamente dominados por unas pocas especies, mientras que con metabarcoding se encuentra una distribución más equitativa de la biomasa de los MOTUs dominantes.

Artrópodos obtenidos en la fracción de 1 mm de una muestra