Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

jueves, 5 de marzo de 2015

¡Montones de secuencias!

Pues finalmente recibimos en febrero las secuencias del gen 18S del primer envío de ADN de muestras de las Islas Cíes y Cabrera.... nada mal para empezar: ¡más de 14 millones de secuencias!

Ahora estamos trabajando en los análisis de esta enorme cantidad de datos. Hemos tenido que eliminar las secuencias de baja calidad, los errores de secuenciación, y las contaminaciones de ADN no marino. Después combinamos todas las secuencias iguales.


A partir de aquí agrupamos las secuencias similares en Unidades Taxonómicas Operacionales Moleculares (UTOMs), que son nuestra aproximación a las especies presentes y la materia prima sobre la que haremos los análisis de comunidades. A estas UTOMs se les asigna una identificación taxonómica usando las bases de datos de referencia del GenBank.

Tuvimos que pelearnos un poco con los diferentes programas y paquetes estadísticos, hubo que escribir algunos programas, y ocupamos los procesadores del clúster bioinformático del CEAB durante un tiempo. Pero finalmente obtuvimos más de 4200 especies (UTOMs)!!! nuestros análisis preliminares muestran una clara distinción en la biodiversidad presente en ambos parques, y también entre comunidades.

Estamos muy satisfechos del número de especies (UTOMs) obtenidos, y con ganas de empezar los análisis de biodiversidad y ecológicos... ¡seguiremos informando!