Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

viernes, 6 de marzo de 2015

¡Tenemos un segundo gen!

Finalmente hemos conseguido amplificar un segundo gen del ADN de las muestras recolectadas el año pasado. Ha sido un fragmento del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I (COI). Este gen es el standard en el proyecto "Barcode of Life" (al menos para metazoos). Sin embargo, problemas con la obtención de cebadores universales y las longitudes de secuencia generadas han hecho que sea mucho menos usado en estudios de metabarcoding.

Imagen del gel de agarosa con los productos de amplificación del COI
Empezando con cebadores ya publicados y modificándolos mediante comparaciones con bases de datos genéticas, hemos diseñado unos cebadores altamente degenerados que han amplificado con éxito en todas las muestras. En breve vamos a enviar el ADN obtenido para secuenciación de alto rendimiento.

Estamos ansiosos por tener los resultados y compararlos con los que se obtengan con el gen 18S. Estamos seguros de que una aproximación multi-gen nos permitirá obtener la mejor caracterización posible de la biodiversidad presente.