En Marzo recibimos los resultados de la carrera de Illumina realizada para secuenciar las muestras que amplificamos para el gen COI. Por desgracias, la calidad de las secuencias no era buena y tuvimos que descartar muchas de ellas. Ello nos llevó a pedir una repetición de la carrera con un protocolo nuevo para preparar las librerías genéticas. La empresa Fasteris hizo honor a sus compromisos y repitió la carrera sin cargo. Los resultados de esta segunda carrera llegaron en Mayo, y esta vez la mayor parte de secuencias pudieron ser utilizadas.
Con otros 14 millones de secuencias para trabajar, estamos aún ajustando los programas para las especificidades de este gen. Hemos construido una nueva base de datos genética de referencia usando la base del Barcode Of Life Data (BOLD) systems. Esperamos tener los resultados del COI en breve!
lunes, 15 de junio de 2015
Actividades recientes de divulgación de Metabarpark
Estamos comprometidos con las tareas de divulgación de nuestras actividades a gestores, investigadores, y al público en general. Por ello hemos realizado una serie de actividades de diseminación que queremos compartir:
# En la última edición del Festival Internacional Pint of Science, que pretende comunicar la ciencia al público en el ambiente relajado y divertido de los bares, Xavier Turon presentó una charla (cerveza en mano, por supuesto) en el bar Cara B del barrio de Gràcia en Barcelona el día 18 de mayo. La charla se titulaba "utilitzant la genètica per desxifrar l'enigma de la Biodiversitat", y una buena parte se centraba en los resultados de Metabarpark. El Cara B estaba a tope, con gente en la calle y todo!
http://pintofscience.es/event/barcelona-cara-b-falta-2/
# Igualmente, Xavier Turon hizo una presentación sobre el proyecto a los gestores y técnicos superiores del Organismo Autónomo Parques Nacionales (OAPN), que financia Metabarpark, en Madrid el día 22 de mayo.
# Owen Wangensteen participó en el XV International Echinoderm Conference en Playa del Carmen, México (25-29 de mayo), y presentó una comunicación oral sobre la aplicabilidad del metabarcoding para equinodermos, resultante en buena parte de los resultados del proyecto: "Metabarcoding of echinoderms, promises and pitfalls".
# Xavier Turon realizó una estancia de dos semanas en el National Oceanography Centre (NOC) en Southampton, durante las cuales realizó muestreos y redactó artículos con colegas. La sesión del "Friday Seminars" del día 5 de junio fue a su cargo, y en ella presentó la charla "Biodiversity crisis and the taxonomic impediment: what the genetic metabarcoding of marine communities has to offer", donde explicó los resultados principales de Metabarpark.
# En la última edición del Festival Internacional Pint of Science, que pretende comunicar la ciencia al público en el ambiente relajado y divertido de los bares, Xavier Turon presentó una charla (cerveza en mano, por supuesto) en el bar Cara B del barrio de Gràcia en Barcelona el día 18 de mayo. La charla se titulaba "utilitzant la genètica per desxifrar l'enigma de la Biodiversitat", y una buena parte se centraba en los resultados de Metabarpark. El Cara B estaba a tope, con gente en la calle y todo!
http://pintofscience.es/event/barcelona-cara-b-falta-2/
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| Cartel anunciando el Festival |
# Owen Wangensteen participó en el XV International Echinoderm Conference en Playa del Carmen, México (25-29 de mayo), y presentó una comunicación oral sobre la aplicabilidad del metabarcoding para equinodermos, resultante en buena parte de los resultados del proyecto: "Metabarcoding of echinoderms, promises and pitfalls".
# Xavier Turon realizó una estancia de dos semanas en el National Oceanography Centre (NOC) en Southampton, durante las cuales realizó muestreos y redactó artículos con colegas. La sesión del "Friday Seminars" del día 5 de junio fue a su cargo, y en ella presentó la charla "Biodiversity crisis and the taxonomic impediment: what the genetic metabarcoding of marine communities has to offer", donde explicó los resultados principales de Metabarpark.
Metabarpark en la portada del Faro de Vigo
El segundo muestreo en las Islas Cíes fue noticia en el diario Faro de Vigo en su portada del día 15 de mayo, en que también se publicó una entrevista a Xavier Turon en las páginas interiores
http://www.farodevigo.es/gran-vigo/2015/05/15/csi-remata-criba-cies/1240243.html
Estamos muy satisfechos de la colaboración con Alberto Otero, del Faro de Vigo, y le agradecemos su ayuda para diseminar nuestro trabajo a los lectores de este diario
http://www.farodevigo.es/gran-vigo/2015/05/15/csi-remata-criba-cies/1240243.html
Estamos muy satisfechos de la colaboración con Alberto Otero, del Faro de Vigo, y le agradecemos su ayuda para diseminar nuestro trabajo a los lectores de este diario
Segundo muestreo en las Cíes
Del 13 al 16 de mayo, miembros del equipo Metabarpark (Creu Palacín, Owen Wangensteen, Xavier Turon) fueron a las Islas Cíes de nuevo para un segundo muestreo. Nuestro objetivo era estudiar los cambios estacionales en las comunidades, comparando estas muestras con las obtenidas en Septiembre.
Agradecemos el soporte logístico de Alex Macía y el club Buceo Islas Cíes, que nos llevaron cada día en su embarcación desde Vigo hasta las Cíes.
Volvimos a muestrear las comunidades fotófila y esciáfila, así como los fondos de Maërl y el sedimento del Lago dos Nenos, exactamente en los mismos puntos que en Septiembre. Además recogimos muestras de una comunidad somera de Asparagopsis armata, una alga introducida.
Las muestras van a ser procesadas exactamente de la misma forma que las de Septiembre. Esperamos encontrar cambios significativos en composición de especies y en sus abundancias relativas ligados al componente estacional... veremos!
Agradecemos el soporte logístico de Alex Macía y el club Buceo Islas Cíes, que nos llevaron cada día en su embarcación desde Vigo hasta las Cíes.
Volvimos a muestrear las comunidades fotófila y esciáfila, así como los fondos de Maërl y el sedimento del Lago dos Nenos, exactamente en los mismos puntos que en Septiembre. Además recogimos muestras de una comunidad somera de Asparagopsis armata, una alga introducida.
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| De izquierda a derecha, Xavier, Owen, y Creu listos para zarpar desde Vigo |
Las muestras van a ser procesadas exactamente de la misma forma que las de Septiembre. Esperamos encontrar cambios significativos en composición de especies y en sus abundancias relativas ligados al componente estacional... veremos!
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