Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

lunes, 15 de junio de 2015

Trabajando con el segundo gen

En Marzo recibimos los resultados de la carrera de Illumina realizada para secuenciar las muestras que amplificamos para el gen COI. Por desgracias, la calidad de las secuencias no era buena y tuvimos que descartar muchas de ellas. Ello nos llevó a pedir una repetición de la carrera con un protocolo nuevo para preparar las librerías genéticas. La empresa Fasteris hizo honor a sus compromisos y repitió la carrera sin cargo. Los resultados de esta segunda carrera llegaron en Mayo, y esta vez la mayor parte de secuencias pudieron ser utilizadas.

Con otros 14 millones de secuencias para trabajar, estamos aún ajustando los programas para las especificidades de este gen. Hemos construido una nueva base de datos genética de referencia usando la base del Barcode Of Life Data (BOLD) systems. Esperamos tener los resultados del COI en breve!