Bienvenido al sitio web del Proyecto METABARPARK. El proyecto trata de aplicar las nuevas tecnologías de secuenciación masiva para caracterizar las comunidades bentónicas presentes en los Parques Nacionales Españoles, utilizando ADN ambiental (metabarcoding). Nuestro principal objetivo es caracterizar la biodiversidad oculta que normalmente pasa desapercibida mediante los métodos convencionales. Así mismo, intentaremos estudiar los impactos de las algas invasoras sobre las comunidades bentónicas.

viernes, 29 de diciembre de 2017

Los resultados de los muestreos publicados en PeerJ Preprints

Mientras el artículo está en el proceso de revisión por pares, hemos publicado el manuscrito en formato Pre-print en el  repositorio PeerJ Preprints, donde está libremente accesible en https://peerj.com/preprints/3429/

METABARCODING LITTORAL HARD-BOTTOM COMMUNITIES: UNEXPECTED DIVERSITY AND DATABASE GAPS REVEALED BY TWO MOLECULAR MARKERS
Wangensteen OS, Palacín C, Guardiola M, Turon X (2017) PeerJ Preprints 5:e3429v1

En este manuscrito reportamos la ingente biodiversidad encontrada en las comunidades de Islas Cíes y Cabrera. Discutimos diversos aspectos técnicos, comparamos los dos genes estudiados (18S y COI), y realizamos análisis ecológicos. Este es el abstract del artículo:


Se desarrolla en este trabajo un método basado en metabarcoding para caracterizar la biodiversidad de comunidades naturales estructuralmente complejas en fondos duros. Se usan nuevos cebadores para dos marcadores moleculares: el "fragmento Leray" del gen mitocondrial citocromo oxidasa I, y la región v7 del gen ribosomal ARN 18S. Se analizan ocho comunidades bentónicas litorales de dos Parques Nacionales en España (uno en el Océano Atlántico y otro en el Mar Mediterráneo). Las muestras fueron tamizadas en tres fracciones de tamaño de las que el ADN se extrajo separadamente.
Se usaron análisis de agrupamiento bayesiano para delimitar las unidades taxonómicas operativas moleculares (MOTUs) y se compilaron bases de datos de referencia para la asignación taxonómica. Encontramos valores inesperadamente altos de riqueza de MOTUs, que sugieren que estas comunidades albergan una gran cantidad de biodiversidad de eucariotas aún no descrita. Se encuentran aún lagunas significativas en las bases de datos de referencia, que actualmente impiden la asignación taxonómica completa de las secuencias detectadas. Sin embargo, más del 90% (en abundancia) de las secuencias han podido ser asignadas a tipo o inferior nivel taxonómico. La tasa de identificación probablemente mejorará de forma sustancial en el futuro, conforme las bases de datos se vayan actualizando. Nuestros resultados muestran que el metabarcoding en medio marino, actualmente aplicado principalmente a plancton o sedimentos, puede ser adaptado a comunidades estructuralmente complejas de fondo duro. Se demuestra que es un método robusto, rápido, objetivo y asequible para una caracterización integral de comunidades bentónicas dominadas por macrófitos y metazoos modulares o coloniales, permitiendo una biomonitorización estandarizada de estas comunidades. Los nuevos cebadores universales para COI pueden ser potencialmente usados para caracterizar la biodiversidad con alta resolución taxonómica en un amplio abanico de comunidades eucariotas marinas, terrestres, o de agua dulce.


Porcentaje de MOTUs de las principales categorías de organismos encontrado en las tres fracciones estudiadas (A, B, C) con 18S (arriba) o COI (abajo) en todas las comunidades estudiadas.